Debian 的軟體套件原始碼通常包含幾個檔案，分別是 dsc, diff.gz 與 orig.tar.gz.
.dsc 是一個文字檔，包含軟體的基本資訊、如版本、維護者資訊與原始碼檔名與驗證碼 (checksums) 資訊 。.diff.gz 是壓縮過後的差異檔，由於軟體套件都必須針對不同的套件系統進行調整，以便符合套件系統的規矩。而 Debian 的方式是保留由上游所發行的原始碼壓縮檔，也就是 .orig.tar.gz 檔案，並將所有的修改另外儲存於 .diff.gz 檔，包含 Debian 包裝軟體時特有的 debian/* 檔案。
於是，對於使用者/原開發者而言，可以清楚的分辨哪些碼是被 Debian 軟體套件維護者所修改，在除錯或維護上都可以比較清楚的區分。若想了解 Debian 包裝軟體的細節不妨參考我的 Debianziation HOWTO。
至於所有原生套件與非原生的套件的差別，則在於是否有 .diff 檔案。若你所包裝的軟體原始碼中本來就含有所有 Debian 所需要的 debian/rules, debian/* 檔案，你在產生 .deb 安裝檔時，套件包裝軟體就不會/無法生成差異檔，而只會生成 .tar.gz 檔案。
通常包裝成原生軟體套件 (Native Package) 的狀況是維護者手誤所造成，大約是忘記將原始檔名改成正確的 .orig.tar.gz 名稱。但有些時候，是軟體套件維護者刻意製成。但是除非該套件是針對 Debian 所開發，不可能被移植到其他套件系統上，否則不應該包裝成原生套件。
有些開發者原本就使用 Debian 作為開發平台，偶爾為了方便也會直接在發行的壓縮檔案中置入 debian/* 檔案。但是這是不應該的，Debian Mentors FAQ 裡面有稍加解釋，事實上在原始檔壓縮檔中放入 debian/* 檔案，很容易造成誤解與困擾，特別是需要追蹤修改紀錄的狀況。另外還有如下的原因
- 其他套件系統沒有理由想要、需要 Debian 的特定東西。
- 所有為 Debian 所作的的修改，都會造成一次版本提交。結果莫名的影響其他套件系統都需要更新升級。
- 不只是 Debian 使用 debian/，其他延伸套件系統可能也需要修改其中檔案才能運作。否則要則他們必須修改原本的原始碼壓縮檔，或者以一個 patch 來修正你的 debian/ 檔案。
- 當有安全問題或其他因素需要作 NMUs 時，這個 debian 目錄會造成其他人難以維護追蹤的困擾。
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與 Debian Developer 討論之得。